De vzw Sint-Pietersinstituut omvat de basisschool, de humaniora en het internaat. Deze vzw draagt de juridische, administratieve, organisatorische, pedagogische en financiële eindverantwoordelijkheid van de scholen en het internaat die onder haar bestuur vallen.
Het schoolbestuur organiseert het onderwijs en kent attesten, getuigschriften en diploma’s toe. In elke afdeling is de directeur gemandateerd om het schoolbestuur te vertegenwoordigen.